Självständigheten, och förslag om anslutning till Rumänien, ledde till att ett område öster om floden Dnestr med många ukrainska och ryska invånare bildade utbrytarstaten Dnestrrepubliken (ibland kallad Transnistrien). Strider utbröt och upphörde först sedan ryska styrkor ingripit. Sedan dess står Dnestrrepubliken utanför den moldaviska regeringens kontroll och de ryska styrkorna är kvar, trots moldaviska protester.
Sammanbrottet för sovjethandeln innebar att det moldaviska jordbruket inte längre hittade köpare till sina produkter. Samtidigt blev importen av olja och naturgas från Ryssland mycket dyrare. Följden blev utbredd arbetslöshet och fattigdom, vilket i sin tur utlöste politiska oroligheter. I april 2009 utbröt kravaller i protest mot påstått valfusk i parlamentsvalet. Valet skapade ett politiskt dödläge som Moldavien sedan inte tagit sig ur.
Fattigdomen har lett till stor arbetskraftsutvandring, och hemsända pengar från moldavier i utlandet är viktiga för ekonomin. Det svåra ekonomiska läget har lockat eller tvingat moldaviska flickor att bege sig utomlands där de utnyttjas som prostituerade, så kallad trafficking.
Karl XII och kalabaliken i Bender
Få svenskar vet att Sverige under fem år styrdes från Moldavien. Karl XII begav sig dit efter sitt nederlag i Poltava 1709 för att få den turkiske sultanen, som då härskade över Moldavien, på sin sida mot Ryssland. Turkarna tröttnade dock på den svenske kungen, vilket utlöste kalabaliken i Bender. 1714 lämnade Karl XII området.
Uppgifterna har tagits fram i samarbete med Utrikespolitiska Institutet